คริสตจักรสัมพันธ์ภาคไทยเหนือ ( คสน. )เริ่มรวมตัวและก่อตั้งเมื่อปี ค.ศ.1993 โดยการปรึกษาหารือ และการร่วมมือกันของพี่น้องผู้นำคริสตจักร และมิชชันนารีคณะโอเอ็มเอฟบางท่าน ที่ทำงานบุกเบิกและเป็นที่ปรึกษาของคริสตจักร ที่จังหวัดแม่ฮ่องสอน และเชียงใหม่ ในขณะนั้น จุดประสงค์เพื่อร่วมสามัคคีธรรมและช่วยเหลือ ตลอดจนถึงการหนุนใจ เสริมสร้างซึ่งกันและกันในชีวิต และการทำพันธกิจของพระเจ้า
เริ่มแรกนั้นมีเพียง 3 คริสตจักร ประกอบด้วยคริสตจักรสัมพันธ์เชียงใหม่ ซึ่งเป็นคริสตจักรที่มีพี่น้องจากที่ต่างๆ และชนเผ่าต่างๆมารวมตัวกัน ในจังหวัดเชียงใหม่ และอีกสองคริสตจักรคือคริสตจักรแม่สะกึด และคริสตจักรสัมพันธ์แม่ฮ่องสอน ซึ่งเป็นคริสตจักรของพี่น้องไทยใหญ่ ในจังหวัดแม่ฮ่องสอน หลังจากนั้นอีกสาม สี่ ปีจึงได้มีอีกอื่นๆ คริสตจักรเข้ามาร่วมด้วย คือ คริสตจักรทบศอก คริสตจักรซีโยน คริสตจักรนาปาจาด คริสตจักรปาย ตามลำดับ ในช่วงแรก คสน.ได้มีการประชุม สามัคคีธรรม และจัดค่าย ร่วมกันเป็นระยะๆ โดยมีคณะกรรมการภาค และตัวแทนจากคริสตจักรต่างๆ ทำหน้าที่ประสานงาน ทำให้มีความสัมพันธ์ที่ดีต่อกันมากขึ้นเรื่อยๆ
แต่เนื่องด้วยคริสตจักรต่างๆที่เป็นสมาชิก ตั้งอยู่ในระยะทางที่ห่างไกลกันมาก ไม่สะดวกในการพบปะกันเท่าใดนัก คณะกรรมการจึงมีมติให้แบ่งเป็น 2 เขต คือ เขตแม่ฮ่องสอน และเขตเชียงใหม่ ( ต่อมาขยายไปถึงจัดหวัดเชียงราย และลำปาง )
จากปี 1993 – 2008 พระเจ้าได้ทรงนำและอวยพระพรคริสตจักรสัมพันธ์ภาคไทยเหนือในหลายด้าน และมีคริสตจักรที่เข้าเป็นสมาชิกเพิ่มมากขึ้นเรื่อยๆ ทั้งที่เป็นคริสตจักรที่เกิดจากการบุกเบิกของคริสตจักรใน คสน.เอง และคริสตจักรอิสระอื่นๆ ที่เข้ามาสังกัดในคริสตจักรสัมพันธ์ ( คจส. ) ด้วย ปัจจุบันคริสตจักรสัมพันธ์ภาคไทยเหนือ ( คสน. ) มีสมาชิกทั้งหมดที่เป็นคริสตจักรและสถานประกาศ รวม 25 แห่ง ด้วยกัน