เมื่อปี ค.ศ.1952 คณะโอเอ็มเอฟได้เข้ามาประกาศพระกิตติคุณในประเทศไทย 8 จังหวัดภาคกลาง ได้แก่ อุทัยธานี ชัยนาท นครสวรรค์ พิจิตร อ่างทอง สิงห์บุรี ลพบุรี และ ได้ขยายไปที่ภาคเหนือ ประกาศกับพี่น้องชาวเขาเผ่าต่าง ๆ ได้แก่ ม้ง ยิวเมี่ยน อาข่า กะเหรี่ยง ลีซู ลาฮู และไทยใหญ่
และในปี ค.ศ.1953 ได้เริ่มประกาศใน 4 จังหวัดภาคใต้ ได้แก่ สงขลา ยะลา ปัตตานี นราธิวาส เวลาต่อมา ในปี ค.ศ. 1966 จึงได้เริ่มประกาศในกรุงเทพมหานคร
ขอบพระคุณพระเจ้าที่ทรงอวยพระพรพันธกิจของพระองค์จนมีคริสตจักรเกิดขึ้นในหลายที่หลายแห่ง คณะโอเอ็มเอฟ จึงมีความปรารถนา ที่จะเห็นคริสตจักรเหล่านี้ที่จะรับผิดชอบ ตัดสินใจ ดูแลกันเอง มากยิ่งขึ้น ดังนั้น คริสตจักรในแต่ละภาคดังกล่าวข้างต้น จึงได้รวมตัวกันขึ้นเป็นคริสตจักรสัมพันธ์ภาค และเมื่อแข็งแรงขึ้นก็ได้แบ่งการบริหารออกเป็นเขต ๆ ตามความเหมาะสม และสะดวกในการบริหารงานในด้านต่างๆ
เมื่อประมาณปี ค.ศ.1980 คริสตจักรสัมพันธ์แต่ละภาค มีความปรารถนาที่จะมีการสัมพันธ์กับภาคอื่นๆ ด้วย จึงได้ส่งตัวแทนไปเยี่ยมเยียนซึ่งกันและกัน และเมื่อได้ทำการปรึกษาหารือกัน ในระยะเวลาพอสมควรแล้ว จึงได้มีการตกลงร่วมกัน ที่จะมีความสัมพันธ์กันอย่างแน่นแฟ้นมากขึ้น จึงได้จัดตั้งเป็น “คริสตจักรสัมพันธ์ในประเทศไทย” ขึ้น ในปี ค.ศ.1983 ต่อมา จึงขอสมัครเข้าเป็นสมาชิกสหกิจคริสเตียนแห่งประเทศไทยประเภทสมาชิกองค์การภายในประเทศ เมื่อวันที่ 3 กันยายน ค.ศ.1986 โดยใช้ชื่อว่า “ องค์การคริสตจักรสัมพันธ์ในประเทศไทย ”
ในปัจจุบันนี้มีสมาชิกทั้งหมด 224 คริสตจักร 19 สถานประกาศ แบ่งออกเป็น 13 ภาค ได้แก่
1 ภาคใต้
2 ภาคม้ง
3 ภาคกลาง
4 ภาคยิวเมี่ยน
5 ภาคกรุงเทพ
6 ภาคกะเหรี่ยงสะกอ
7 ภาคกะเหรี่ยงโปว์
8 ภาคละว้า
9 ภาคไทยเหนือ
10 ภาคขมุ
11 ภาคอีสาน
12 ภาคคริสเตียนสามัคคี
13 ภาคลาหู่ (เชเล)
และ มี 3 หน่วยงาน ได้แก่ 1 วิทยุเพื่อชีวิต 2 พระคริสตธรรมเชียงใหม่ 3 มูลนิธิพันธกิจสัมพันธ์