คริสตจักรสัมพันธ์ภาคอีสาน เป็นกลุ่มคริสตจักรที่เกิดขึ้นจากการรวมกันรับใช้ของทีมศิษยาภิบาล กลุ่มพันธกิจภาคอีสานตอนบน มีนิมิตในการบุกเบิกก่อตั้งคริสตจักรในพื้นที่รอยต่อระหว่างสามจังหวัดคือ หนองคาย สกลนคร นครพนม ในทุกอำเภอที่ไม่มีคริสตจักร ไม่เคยประกาศ โดยได้รับความร่วมมือกับมิชชั่นพันธกิจเปาโลจากเกาหลีใต้
การเริ่มต้นพันธกิจนี้นับตั้งแต่ปี 1993 เป็นต้นมานิมิตและภาระใจอันแรงกล้า และมุ่งหมายในพื้นที่ ๆ ยังไม่มีคริสเตียนเลย โดยเริ่มต้นที่พื้นที่รอยต่อของสามจังหวัด หนองคาย – สกลนคร – นครพนม โดยทางกลุ่มเราได้ใช้คำเรียก รหัสพื้นที่ 042 เป็นจุดเริ่มของการทำพันธกิจนี้
การสมัครเข้าเป็นคริสตจักรสัมพันธ์ในประเทศไทย เมื่อทางกลุ่มได้ดำเนินงานมาจนถึงปี 1995 มีคริสตจักรที่ทำการบุกเบิกอยู่ด้วยกัน 7 แห่ง ทางกลุ่มได้มีการปรึกษาหารือกันถึงการดำเนินงานให้ถูกต้องกับระเบียบอันควรของคริสตจักร และทางที่ปรึกษาได้แนะนำให้เราได้รู้จักกับคริสตจักรสัมพันธ์ในประเทศไทย ซึ่งที่ปรึกษาของเราก็เป็น มิชชันนารีที่อยู่ใน O.M.F. และคณะกรรมการพันธกิจภาคอีสานของเรา ได้มีการประชุมกันและมีมติสมัครเข้าเป็นสมาชิกในคริสตจักรสัมพันธ์ในประเทศไทยตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา และได้เปลี่ยนชื่อมาเป็นคริสตจักรสัมพันธ์ภาคอีสานในปัจจุบันนี้